2016年1月6日水曜日

InscopixのMosaicの使用感

nVistaというmicroendoscopeを販売しているInscopix社のカルシウムイメージングの解析ソフトウェアMosaicを使ってみました。

基本的にはMukamel et al, Neuron 2009の論文にあるPCA-ICA法による細胞の自動検出をGUIで行えるようにしたものです。matlabライセンスをもっていない人のためにmatlabを必要としないスタンドアローン版もあります。サンプルデータをダウンロードしてtutorialに沿って解析していけば、基本的な使い方は半日で学習できます。

Mukamelの論文当時のCellSortと呼ばれるソフトウェアのときもそうでしたが、サンプルデータはさすがにきれいに解析できるのですが、自分の実験のデータを解析するときには、うまく動くものとそうでないものを選ぶのかもしれません。データの時間的な長さによるのかもしれませんが、比較的同期性の高い複数の細胞が一つのフィルターに含まれてしまう場合があり、個人的にはこれを単一細胞にsegmentationするステップが欲しいところです(CellSortにはあった記憶があるのですが)。

microendoscopeで得られる画像は二光子イメージングで得られる画像よりもバックグラウンドが高く、蛍光強度の変化がないとどこに細胞があるのかわかりにくいのですが,、nVista+Mosaicを使った研究では、Mosaicでうまく分離できた(一部の)細胞だけ解析し、そうでない細胞は捨てるという使い方になるのかもしれません。その場合「ある反応選択性をもった細胞がそこに存在する」ということを示す場合はいいのですが、もう少し網羅的なマップを得ようと思った場合に、それでいいのかと、ちょっと不安を覚えるところはあります。

とはいえ、これまであまり画像データの解析をしたことがなかった人が最初に使ってみるものとしては良いのかもしれません。特に画像のダウンサンプリング/ビニングとか連結とかブレ補正とかは使い勝手がよく、PCA-ICAが自分のデータに合わない場合でも、この前処理の部分だけを使うのはありだと思います。

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